La base operativa del Movimiento es el nivel diocesano. La Directiva Diocesana es la encargada de la dirección de los asuntos del Movimiento en cada una de las diócesis o jurisdicciones eclesiásticas, siendo esta Directiva Diocesana la única autorizada para realizar retiros.
La Junta Nacional, formada por los Presidentes y delegados diocesanos, representa a todos los miembros del Movimiento Juan XXIII del país y se encarga de la dirección general de los asuntos del Movimiento en dicho país. La Junta Internacional integrada por los Presidentes y delegados nacionales es el órgano de gobierno que representa a nivel internacional a todos los miembros del Movimiento Juan XXIII, encargándose de la dirección general de los asuntos del Movimiento y sirviendo además como organismo de decisión y arbitraje en las situaciones y diferencias que pudieran presentarse dentro del mismo.